本发明公开了一种核酸探针组及其应用；核酸探针组包括第一探针和第二探针；第一探针包括第一5’端碱基序列、第一互补序列和第一3’端碱基序列；第一5’端碱基序列与通用核酸配对，第一3’端碱基序列与待测核酸配对；第二探针包括第二5’端碱基序列、第二互补序列和第二3’端碱基序列；第二5’端碱基序列与待测核酸配对，第二3’端碱基序列与通用核酸配对；第一互补序列和第二互补序列配对；核酸探针组的应用为将核酸探针组用于核酸原位检测；该核酸探针组可以用于特定核酸片段的定量、定性或定位检测，提高了传统核酸探针的特异性、灵敏度和稳定性。